اولین مورد استفاده از سه رنگ سیاه، سرخ و طلایی در پرچم آلمان به 1848 میلادی و انقلاب های پراکنده در دولت شهر های آلمانی برمیگردد. پس از شکست نظام ناپلئونی، موج ملی گرایی و انقلاب ها در سراسر اروپا ادامه داشت. به عقیده مورخان، انقلابیون آلمانی نیز این سه رنگ را از رنگ های نشان قرون وسطایی آلمان (امپراتوری مقدس روم) برداشته اند. برای مثال در 1152 وقتی امپراتور فردریک بارباروسا در فرانکفورت به مقام امپراتوری رسید، از کلیسای جامع تا میدان اصلی شهر را با پارچه های سیاه، سرخ و طلایی تزیین کرده بودند.

این سه رنگ در مدت کوتاهی از 1848 تا 1849 که یک دولت انقلابی کوچک در بخش هایی از آلمان تشکیل شد مورد استفاده بود ولی بزودی برچیده شد و سه رنگ سیاه سفید و سرخ جای آنرا گرفت که تا پایان ج.ج.اول پابرجا ماند.

با روی کار آمدن جمهوری وایمار پس از جنگ اول، این پرچم به آلمان برگشت و نماد جمهوری خواهان و لیبرال ها بود و در مقابل آن ملی گرایان (ناسیونالیست ها) و سلطنت طلبان از پرچم قبلی (سیاه، سفید و سرخ) حمایت میکردند.

با روی کار آمدن ملیگرایان نازی در 1933 دوباره سفید جای زرد را در پرچم آلمان گرفت و دولت نازی همزمان از پرچم رایش دوم و از پرچم خاص خود همراه با سواستیکا استفاده میکرد.

با پایان ج.ج.دوم و تابو شدن ملی گرایی در سراسر اروپا، چون ترکیب رنگ قبلی به ملی گرایی آلمانی پیوند خورده بود هر دو آلمان های شرقی و غربی رنگ طلایی را جایگزین سفید کردند که تا امروز پابرجاست.

در مقابل  پرچم سه رنگ سیاه، سفید و سرخ 2 ریشه دارد:

صلیب سیاه بر پس زمینه سفید از ابتدا توسط شوالیه های توتونی (teutonic order) استفاده میشده و چون این شوالیه ها با حکومت طولانی خود، زمینه آلمانی شدن مردم پروس را چیدند و بعدتر با انحلالشان در نهضت پروتستان مارتین لوتر، دوک نشین پروس تشکیل شد که این پروس بعدتر در قرن 19 عامل اصلی ایجاد آلمان یکپارچه شد.
بدین ترتیب رنگ سیاه بخاطر اهمیت پروس وارد پرچم آلمان شد.

دو رنگ سفید و سرخ هم برگفته از پرچم اتحادیه تجاری هانزایی (Hanseatic league) است که بخش مهمی از تاریخ شمال آلمان را تشکیل میدهد.

این اتحادیه، از بدنه امپراتوری مقدس روم و از گردهمایی دولت شهرهای شمالی آلمان( اعم از لوبک، هامبورگ و اشتتین) تشکیل شد که شدیداً به تجارت دریای بالتیک-دریای شمال وابسته بودند و برای رقابت تجاری با قدرت هایی چون دانمارک، انگلستان و نووگورود و تامین امنیت مقابل دزدان دریایی با یکدیگر همکاری میکردند.
در زمان هایی اتحادیه هانزایی به شکل یک دولت قدرتمند عمل میکرد و حتی قدرت های دریایی بزرگی چون دانمارک-نروژ را به چالش میکشید.